秘密的SML組織為了維護世界和平，阻止邪惡的黑道組織-豬蹄組征服世界的詭計，派特工美色潛入邪惡組織，偷取執行計畫的核心元件。在逃亡過程中，美色無意間上了小新一行人搭乘的遊船，使得小新也被捲入正邪的對抗戰中，還被帶往邪惡組織。原來邪惡組織要進行的計畫是，讓大袋博士開發出來的新型電子生命體肥嘟嘟左衛門入侵全世界的電腦，進而征服世界。沒想到這個新型的電子生命體的原創者居然是小新......